JVM 用のマネージ COBOL は Java バイトコードにコンパイルされ、ネイティブ COBOL はマシン コードにコンパイルされます。マネージ COBOL とネイティブ COBOL はともに、コンパイルされればいずれのプラットフォームでも実行できます。
JVM マネージ コードの場合、管理サービスは JVM によって提供されます。ネイティブ COBOL の場合、管理サービスはオペレーティング システムで提供され、コードはオペレーティング システムに応じて適切なサービスを呼び出す必要があります。管理サービスにより、COBOL プログラムと他の JVM 言語で記述されたプログラムはシームレスに相互運用できます。
ネイティブ コードとマネージ コードのどちらの場合でも、アプリケーションの開発、コンパイル、およびデバッグには IDE を使用します。ユーザーは、新しい COBOL コードを記述するか、既存の COBOL を (場合によってはコード変更なしで) マネージ コードまたはネイティブ コードとして再コンパイルすることができます。
COBOL Server によって提供されるランタイム システムでは、アプリケーションをディプロイして、さらにデバッグすることができます。JVM COBOL アプリケーションは、JVM を実行しているプラットフォームにディプロイされます。