COBOL JVM プロジェクトの Java ビルド パスに追加するプロジェクトでデフォルトの出力フォルダーがサブフォルダーではなくルートに設定されている場合は、COBOL JVM プロジェクトのビルド時にエラーが発生します。
この問題を回避するには、追加したプロジェクトの出力フォルダーがサブフォルダーであることを確認してください。