コンパイラの振る舞いは、指令を通じて制御します。たとえば、生成する出力やコンパイルするコード、コンパイルしたコードの実行時の振る舞いなどを制御できます。
COBOL コンパイラ指令は、IDE 内から指定できるほか、コマンド ラインで直接指定したり、コード内で $SET 文を使用して指定するなど、さまざまな方法で指定できます。directives.mf ファイルを使用して、コマンド ラインから COBOL、PL/I、または BMS アプリケーションをコンパイルするときに使用する指令を指定することもできます。